Родилась в 1979 году, в с.Петровка Кривошеинского района Томской области.

Маргарита Анатольевна в 2001-м окончила Томский государственный университет по специальности «Социальная работа», в 2008 году, также в ТГУ, получила второе высшее юридическое образование.

В 2012 году признана «Юристом года» Томской области.

В системе социальной защиты населения с 2001 года. В разное время занимала должности специалиста объединенной администрации Ленинского и Октябрьских округов Томска, ревизора Центра жилищных субсидий, специалиста Департамента социальной защиты населения Томской области.

В Департаменте по вопросам семьи и детей Томской области работает с момента его образования, с 2007 года. Прошла путь от специалиста до председателя правового комитета, заместителя, а затем -  руководителя  департамента. С сентября 2014 года Маргарита Анатольевна Шапарева - начальник Департамента по вопросам семьи и детей Томской области.

Неоднократно отмечена почетными грамотами и благодарностями, имеет сертификаты международного образца в сфере гражданского права. Является членом ряда рабочих групп Министерства просвещения  Российской Федерации, экспертных групп регионального и федерального уровней.